Shinichi Kudo è un brillante liceale appassionato di gialli e, nonostante la giovane età, collabora con la polizia nelle indagini e riesce a risolvere da solo anche i casi più complicati. Un giorno, mentre è al parco divertimenti con la sua amica d’infanzia Ran, nota qualcosa di sospetto, ma prima che possa agire gli viene somministrato da dei loschi uomini in nero uno strano farmaco che… lo fa tornare bambino! Chi sono e cosa nascondono quei misteriosi criminali che lo hanno fatto rimpicciolire? E, soprattutto, come farà a ritornare quello di prima? Ecco un caso davvero difficile per Shinichi, che questa volta però dovrà affrontare sotto le mentite spoglie del “piccolo detective” Conan Edogawa! Nella camera del professore è stata ritrovata una lettera scritta quarant’anni prima dal suo primo amore, che propone di incontrarsi nel luogo dei loro ricordi ogni dieci anni, assieme a dei numeri che potrebbero essere un codice segreto per trovarlo. Conan e i Detective Boys iniziano a decifrare quel codice, ma li attende una sorpresa…