Nella città-studio, Toma Kamijo è un liceale come tanti, ma con la sua mano destra è in grado di annullare qualunque potere anomalo. La sua vita prende una piega assurda il giorno in cui trova (stesa sul suo balcone) la suora bambina Index, custode “mnemonica” di ben 103.000 grimori di proprietà della Chiesa Puritana d’Inghilterra… Dopo che Accelerator ha portato a termine la sua prima missione con la misteriosa organizzazione chiamata Group, tornano in scena i membri del Seggio alla destra di Dio. Dal cuore della Città del Vaticano, questi ultimi tramano un attacco contro la città-studio, proprio mentre dimostrazioni di protesta contro di essa esplodono in tutto il mondo…