Il monitoraggio dei sistemi motivazionali costituisce un elemento di estrema utilità per il clinico per molte ragioni: consente di identificare in tempo reale le fasi critiche della sintonizzazione cooperativa col paziente; consente di individuare chi, tra paziente e terapeuta, abbia creato i presupposti della crisi cooperativa in corso; permette, infine, di differenziare i diversi tipi di crisi cooperativa e di stimare gli effetti a breve termine degli interventi sulla base della valutazione delle risposte del paziente.