Mentre il cielo si tinge di rosso e la terra trema, il Giappone è sull’orlo della catastrofe. Suzume è una ragazza di 17 anni che vive con la zia in un paesino del Kyushu, nel sud del Giappone. Un giorno, l’incontro con un giovane viaggiatore di nome Sota cambia completamente la sua vita. Il ragazzo, infatti, viaggia con lo scopo di chiudere dei misteriosi portali in grado di causare rovina e distruzione. Affascinata dal misterioso Sota, Suzume decide di seguirlo ma finisce inavvertitamente con l’aprire una delle porte e…