Pierre Aronnax è un docente universitario di storia naturale a Parigi, famoso per la sua opera sulla vita sottomarina. Prende parte insieme al suo servo e al fiociniere Ned Land a una spedizione per liberare definitivamente i mari da un misterioso mostro marino che affonda le navi. I tre si imbattono nella creatura nel bel mezzo del mar del Giappone. Durante lo scontro vengono scaraventati in acqua e riescono a salvarsi rifugiandosi su quella che sembra un’isola galleggiate, ma subito scoprono di essere finiti sul famigerato mostro. In realtà non di mostro si tratta, ma del sottomarino Nautilus, mezzo sconosciuto in quel tempo, nel quale saranno per così dire ospiti del Capitano Nemo. Verranno a conoscenza delle meraviglie del mondo sottomarino e dello strano personaggio di Nemo, chiuso in se stesso e astioso verso il mondo terreno. Nonostante i continui tentativi di fuga da parte di Ned Land, i personaggi visiteranno Atlantide, combatteranno contro calamari giganti, navigheranno sotto il canale di Suez. Solo dopo mesi, la monotonia e la cripticità di Nemo convincono Ned Land ad organizzare un nuovo tentativo di fuga. In quegli istanti il Nautilus viene risucchiato dal terribile gorgo del Maelstrom e, scaraventati fuori dalla nave, i tre ospiti si risvegliano nella capanna di un pescatore in una delle isole Lofoten.